Durante la remediación in situ, el bioSurfactante aplicado también puede ser adsorbido en el suelo, lo que también puede afectar las propiedades físicas, químicas y biológicas del suelo. La presencia de bioSurfactantes reducirá la tensión superficial de la interfaz agua del suelo, provocará un cambio en la caída de presión en los poros del suelo, provocando así un cambio en la distribución del agua y el aire entre los poros del suelo y, en última instancia, cambiará las propiedades físicas originales y las condiciones redox del suelo, lo que provocará posibles efectos negativos. El estudio sobre la interacción entre el surfactante y el ambiente del suelo es muy escaso, pero merece mucha atención y estudio en profundidad.

La surfactina, también conocida como péptido éster subtilis, es un péptido éster circulante producido por Bacillus subtilis. Está compuesto de ácido β-hidroxi-ω-metilmirístico, compuesto por nueve péptidos unidos por enlaces peptídicos cíclicos, es otra clase bien conocida de biosurfactantes con componentes antimicrobianos.
Según las diferentes secuencias de aminoácidos, los surfactanos se pueden dividir en tres tipos: surfactanos A, B y C. En la posición de aminoácidos, la surfactina-A tiene L-leucina, la surfactina-B tiene L-valina, la surfactina-C tiene L-isoleucina y el anillo de lactona relacionado con la posición del aminoácido está compuesto por la formación de ácidos grasos β-hidroxilo C14-C15. El surfactante Bacillus subtilis es un biosurfactante altamente eficaz. La tensión superficial de una solución de bicarbonato de sodio de 0,1 mol/l que contiene sólo un 0,005 % de tensioactivo de Bacillus subtilis disminuye a 27,9 mN/m.
Al realizar reparaciones in situ, el uso de biosurfactantes tendrá cierta toxicidad e impacto en la población microbiana autóctona que vive en ellos. Además, debido a que puede ser degradado por microorganismos, sus metabolitos pueden ser más tóxicos. Por tanto, la existencia de biosurfactantes puede provocar cierta contaminación al medio ambiente y aumentar la carga de contaminación ambiental. Se puede observar que fortalecer la investigación sobre el impacto potencial de los biosurfactantes en el medio ambiente y sus características de biodegradación proporcionará una base científica importante para el control eficaz de la contaminación ambiental causada por los biosurfactantes y el uso racional de los biosurfactantes. En el proceso de solubilización y reparación de surfactantes in situ, se debe realizar una prueba integral de toxicidad de biosurfactantes y peligro ambiental para garantizar la seguridad de los biosurfactantes.
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